Na ditadura, com vinte anos de idade, Luiz Felipe, então estudante da Universidade de Brasília, deixou o país e foi estudar na França.Quando voltou ao Brasil, em meados dos anos de 1980 já era livre docente.
Ingressou na Unicamp e no centro brasileiro de análise e planejamento, o Cebrap. A partir de 2000, o professor assumiu a cátedra de História do Brasil na Sorbone, em Paris, de onde é professor emérito desde 2014.
Atualmente dirige o Centro de Estudos do Atlântico Sul, na escola de economia da Fundação Getúlio Vargas, onde também é professor emérito. Desde 2011, Luiz Felipe de Alencastro é membro da seção de história e arqueologia da Academia Européia de Ciências Humanas, em Londres. Duas de suas obras mais importantes são: O Trato dos Viventes: formação do Brasil no Atlântico Sul séculos 16 e 17 e a História da vida privada no Brasil.
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